【投資テーマ解説】電子カルテ｜2030年普及率100%目標・国の標準仕様・クラウド移行で変わる競争地図

電子カルテ市場の全体像 — 医療情報システム3,000億円市場の構造

市場規模と成長率

矢野経済研究所の調査（2025年12月公表）によれば、2024年度の医療情報システム市場は3,018億円に達し、初めて3,000億円を突破しました。この市場は電子カルテ（オーダリングを含む）だけでなく、医事会計などの基幹システムや、放射線・臨床検査などの部門システムを含みます。電子カルテ単独の数字としては、中小規模一般病院（300床未満）向けの市場が678億円で、2027年度には732億円に拡大する見通しです。

ただし、2025年度以降は前年度比1.0%未満の低い成長率が見込まれています。電子カルテの導入はすでに大規模病院でほぼ完了しており、今後の成長ドライバーは「未導入の中小病院・診療所の新規導入」と「既存オンプレミスからクラウドへのリプレイス」の2軸に移っています。

クラウド型への構造転換

中小病院向け電子カルテにおけるクラウド型の比率は2024年度で12.3%（83億円）にとどまりますが、2027年度には14.6%（107億円）に拡大する見込みです（矢野経済研究所）。一方、新規開業クリニックに限るとクラウド型の採用率は70.8%（2022〜2023年、同調査）と圧倒的で、新規参入組ほどクラウドネイティブなプレイヤーを選ぶ構図が鮮明です。

市場のプレイヤー構造

電子カルテ市場は、対象となる医療機関の規模によって主要プレイヤーが大きく異なります。

電子カルテの普及率 — 診療所の「残り45%」が成長余地

厚生労働省「令和5年医療施設（静態・動態）調査」（2023年10月時点）によれば、電子カルテの導入率は以下のとおりです。

投資家の視点で注目すべきは一般診療所の普及率がまだ55%にとどまっている点です。日本の一般診療所は約10.5万施設あり、そのうち約4.7万施設が未導入です（厚生労働省）。政府が2030年までに普及率約100%を目標に掲げている以上、この「残り45%」が関連企業の最大の成長余地となります。

一方、厚生労働省の「医療DXの実施状況調査」（中央社会保険医療協議会、2025年11月）では、電子カルテが稼働中の施設は病院77.7%、診療所71.0%でした。ただしこの調査は医療DX推進体制整備加算を届け出た施設を多めに抽出しており、全国平均より高めに出ます。加算を届け出ていない診療所に限ると46.2%にとどまります。

政策ドライバー — 標準化・情報共有と2030年普及率100%目標

電子カルテ関連銘柄に投資するうえで、政策動向の理解は不可欠です。政府の医療DX政策は複数の施策が連動しており、未導入の医療機関の需要を掘り起こす追い風になる一方、ベンダーには製品の作り替えを迫る面もあります。

4つの柱

1. 電子カルテ情報共有サービス — 厚生労働省が推進する「全国医療情報プラットフォーム」の中核。全国の医療機関が患者の電子カルテ情報（アレルギー・検査結果・処方歴など）を相互に閲覧でき、患者もマイナポータルで確認可能。国際標準規格HL7 FHIRを採用し、異なるベンダーのシステム間でもデータ交換が可能。2026年冬頃の本格運用が見込まれています。

2. 標準型電子カルテ — デジタル庁が医科の無床診療所向けに開発するクラウド型の電子カルテ。2025年3月からα版のモデル事業が始まり、いまは情報共有・電子処方箋など国の医療DX機能に絞った「導入版」を2026年度中に完成させる予定です。紙カルテや今の電子カルテでの業務はそのままに、国のサービスにつなげるための位置づけです。

3. 民間製品の標準仕様と認証制度 — 厚生労働省が2026年3月31日に、医科診療所向けと中小病院向けの電子カルテ標準仕様書（基本要件）1.0版を公表しました。準拠した民間製品を国が認証する制度も検討中で、審査は2026年度冬頃、認証は2027年度早期からの想定です。主な要件はクラウドネイティブ（マルチテナントのSaaS型）、個別カスタマイズ不可、価格のWeb公開などで、診療所ではオンプレ型を使う施設にも、次回の更新時に準拠したクラウド型へ移ることを促す方針です。

4. 2030年普及率100%の法定目標 — 2025年12月成立の医療法等改正法で、「2030年12月31日までに電子カルテの普及率を約100%にする」ことが政府の達成目標として法律（地域医療介護総合確保法）に明記されました。医療機関に導入を義務づける規定ではなく、補助金や診療報酬の加算で導入を促す形です。

診療報酬改定のインパクト

2026年度の診療報酬改定では「電子的診療情報連携体制整備加算」が新設されました。区分は3つあり、上位の加算1・2を取るには電子処方箋・電子カルテ・電子カルテ情報共有サービスなどの要件を満たす必要があります。要件を満たさなくても加算3は届け出られますが、上位区分との差がそのまま収入差になり、導入や改修の動機になります。

届出書の電子カルテの要件欄には「厚生労働省が認証する電子カルテ製品である」という項目も入っており、認証の有無が医療機関の製品選びに響く可能性があります。

関連銘柄① 病院向け — ソフトウェア・サービス（3733）

病院向け電子カルテを主力とし、医療情報システムに特化した上場企業です。病院業務をトータルにサポートする「e-カルテ」と「NEWTONS」（オーダリングシステム）を開発・販売しており、2026年4月30日時点で全国1,031病院に導入されています（同社公式サイト）。同社が月刊新医療『医療機器システム白書2026』の掲載情報から集計した病院の稼動実績（2025年3月末時点、クリニックを除く）では、電子カルテのシェア第2位（1位：富士通Japan、3位：CSI、4位：NEC）です。

業績推移 — 5期連続増収増益

2025年10月期（2025年12月5日開示）は売上高422億円（前期比+10.1%）、営業利益84億円（同+15.3%）と、5期連続の増収増益を達成。売上高は過去5年で約2.1倍に成長しました。新規導入に加え、既存ユーザーからの追加システム受注が計画を大きく上回ったことが寄与しています。2026年10月期の会社予想は売上高443億円（同+4.8%）、営業利益88億円（同+4.9%）です。

直近の2026年10月期第3四半期累計（9か月、2026年9月11日開示）は、売上高330億円（前年同期比+14.8%）、営業利益55.8億円（同−4.7%）と増収減益でした。通期予想は据え置いています。

関連銘柄② 診療所向けクラウド型 — メドレー（4480）・エムスリー（2413）

メドレー（4480）— CLINICS・MALLのAIネイティブ戦略

メドレーは医療プラットフォーム事業と人材プラットフォーム事業の2本柱で構成されています。電子カルテ関連では、診療所向けクラウド型電子カルテ「CLINICS」と、病院・有床診療所向け電子カルテ「MALL」を展開。2025年9月にプロダクト群を「MEDLEY AI CLOUD」としてブランドリニューアルし、AIネイティブな次世代医療プラットフォームへの進化を鮮明にしました（同社プレスリリース）。

2026年8月には、厚生労働省の標準仕様に準拠したクラウドネイティブ電子カルテ「MALLクラウド」の開発を発表しました。2027年1月以降に段階的に提供する予定です（同社プレスリリース）。診療所向けのCLINICSでは、AIの要約支援により診察開始からカルテ作成完了までの時間を約11%短縮できたとしています（2025年11月の同社発表）。

2025年12月期は売上高367億円（前期比+25.5%）と高成長を維持しつつ、営業利益は21.5億円（同−7.6%）と減益。M&Aによるのれん償却や医療プラットフォーム事業の先行投資が利益を圧迫しました。ただし、売上高は5年で約5.4倍に拡大しており、人材プラットフォーム「ジョブメドレー」の安定成長に加え、CLINICS・MALL・Pharmsなど医療プラットフォーム側の伸長が顕著です。

エムスリー（2413）— クラウド型のエムスリーデジカルが累計1万件

エムスリーの電子カルテ事業は子会社エムスリーデジカルが手がけるクラウド型電子カルテ「エムスリーデジカル」が中心です。2026年8月に累計導入件数1万件を突破しました（同社発表）。クラウド電子カルテでシェアNo.1（グループのm3.comによる2026年3月の調査）をうたっています。

初期費用無料、月額11,800円からという低価格とAI自動学習による入力効率化が急速な普及の原動力です。エムスリー全体の売上高は2026年3月期で3,513億円（前期比+23.3%）と、医師向けプラットフォーム「m3.com」の約34万人の医師会員基盤を軸にした多角的な成長が続いています。電子カルテ単体のセグメント開示はありませんが、2027年3月期の会社予想は売上高4,000億円・営業利益800億円（同社IR）です。

関連銘柄③ PHCホールディングス（6523）— 診療所向け電子カルテの老舗「メディコム」

PHCホールディングスはヘルスケアIT事業を含む複合企業で、子会社ウィーメックス（旧PHC）が展開する「メディコム」ブランドは診療所向け電子カルテで金額シェア首位です（富士経済調べ、2024年実績。同社公式サイト）。1972年に日本初の医事コンピュータ「メディコムMC-1型」を発売して以来、50年以上にわたり医療事務・電子カルテの分野をリードしてきた老舗です。

現行製品はレセコン一体型電子カルテ「Medicom-HRf」（ハイブリッドクラウド型、2019年提供開始）で、クラウドとオンプレミスの両面に対応しています。ただし、PHCホールディングス全体の業績はヘルスケアIT以外の事業（糖尿病マネジメント、診断・ライフサイエンス等）の影響も大きい点に注意が必要です。

連結売上高は3,600億円規模で安定していますが、純利益は赤字が続いた期間がありました（2022/3〜2024/3の3期で赤字）。PER 370.3倍（2026年9月29日時点、KabuGraphデータ）と高いのは直近期の純利益が4.9億円と小さいためで、ヘルスケアIT事業の収益力を単体で評価するのは難しい構造です。

関連銘柄④ 周辺システム — EMシステムズ・ファインデックス・ソフトマックス

EMシステムズ（4820）— 調剤システムでシェア約42%

EMシステムズは調剤薬局向けシステムを主力とし、ユニケソフトウェアリサーチ・グッドサイクルシステムの買収を経て調剤システムのシェアは約42%（2026年6月末の会社開示。母数は同社が設定）に達しています。電子処方箋・オンライン資格確認の厚生行政推進による特需は一巡しましたが、フルサブスク型「MAPsシリーズ」への移行を進めており、ストック型売上が全売上の半分前後を占める段階です。

配当は配当性向100%の方針で業績に連動し、2026年12月期は前期の年39円から年23円への減配を予想しています。予想配当利回りは約3.9%です（2026年9月29日終値584円で算出）。

ファインデックス（3649）— 電子カルテ連携の文書管理に強み

ファインデックスは病院向け文書管理システム「DocuMaker」シリーズを主力とし、電子カルテと連携して診療記録・同意書・紹介状などの文書管理をワンストップで効率化します。ROE 23.0%・営業利益率29.3%（2025年12月期）と収益性が高く、売上高61億円（前期比+4.6%）と堅実に成長。PER 17.1倍と手堅いバリュエーションです（2026年9月29日時点、KabuGraphデータ）。

ソフトマックス（3671）— 中小病院向けに特化

ソフトマックスは中小規模病院向けの電子カルテ・医事会計システムを開発する専業メーカーです。2025年12月期の売上高は69億円（前期比+27.6%）と大幅増収。PER 12.7倍・配当利回り3.30%で、時価総額73億円と小型ながら割安な水準です（2026年9月29日時点、KabuGraphデータ）。

関連銘柄の投資指標比較

リスクと投資判断のポイント

リスク要因

• 標準仕様・認証への対応負担と価格競争 — 認証の要件（クラウドネイティブ、カスタマイズ不可、価格のWeb公開）に対応できない製品は、医療機関の製品選びで不利になるおそれがあります。価格の公開が進めば値下げ圧力もかかります。一方、デジタル庁の標準型電子カルテ（導入版）は国の医療DX対応に機能を絞っており、既存のフルスペック製品と正面から競合する場面は限られそうです。

• HL7 FHIR対応コスト — 国際標準規格への対応は全ベンダーに求められますが、開発体制の薄い中小ベンダーにとっては大きな負担。対応の遅れはシェア喪失に直結します。逆に対応力のある大手には追い風です。

• 診療報酬改定リスク — 電子カルテ関連の加算は政策判断で変わるため、2年ごとの改定でインセンティブ設計が後退すれば導入ペースが鈍化するリスクがあります。

• 市場全体の成長鈍化 — 大病院での普及が飽和し、矢野経済研究所も医療情報システム市場全体について「2025年度以降は前年度比1.0%未満の低成長」と予測。クラウド移行やAI機能でのARPU向上が鍵です。

投資スタンス別の銘柄選び

電子カルテ市場は「2030年に普及率約100%」という政府の目標が法律に明記された、ゴールが明確なテーマです。市場全体の成長率は緩やかになりつつも、クラウド移行・標準仕様への準拠・AI活用という3つの構造変化が進行中で、対応力のあるプレイヤーにとっては競争優位を拡大するチャンスです。銘柄ごとのテーマ純度と事業領域の違いを理解したうえで、自身の投資スタンスに合った銘柄を選ぶことが重要です。

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